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基于机器学习的分子动力轨迹预测

焦嘉

【摘要】本文运用了机器学习和深度学习相关的算法，通过对蛋白质分子动力轨迹进行分类和回归预测的探究，提出了一种基于机器学习的新颖性检测方法，以识别 MD 模拟过程中蛋白质构象变化的变化位置和特定部分，并提出了一种改进的自动编码器结构来预测特定的蛋白质结构；首次使用孤立森林来检测受限制状态下的运动轨迹和正常状态下的分子轨迹变化，而对于未知状态分子轨迹预测，主要应用了一种深度学习的方法预测原始蛋白质结构。

【关键字】分子动力轨迹模拟；构象变化；自动编码器